Loomatauditõrje seaduse alusel koostab Veterinaar- ja Toiduamet loomataudide ennetamiseks ja tõrjeks riiklike loomatauditõrje programmide rakendumeetmed.

Iga-aastases riiklikus loomatauditõrje programmis on määratletud profülaktiliste menetluste mahud loomataudide ja loomaliikide kaupa üldiseks Eesti nakkushaigustealase olukorra monitooringuks, samuti ka vaktsineerimiste ja loomakasvatusettevõtete inspekteerimiste mahud.

Riikliku loomatauditõrje programmi kehtestab Veterinaar- ja Toiduameti peadirektor ning kõik programmi rakendamisega seotud kulud kaetakse riigieelarvest.

Iga tuleva aasta programm koostatakse vastavalt loomade arvule ja maakondade poolt koostatud prognoosidele.  Diagnostiliste uurimiste põhirõhk on pandud haigustele, mille likvideerimisega on aastate jooksul veterinaarteenistus süstemaatiliselt tegelenud näiteks leukoos ning mitte eriti ohtlikud haigused, mis hoolimata sellest, tabandumisega ei kaasne loomade surma, põhjustavad olulisi kahjusid loomakasvatusele toodangulanguse, sigivuse languse ja muude kaudsete tegurite kaudu.

Volitatud veterinaararst kontrollib oma tegevuspiirkonnas paiknevaid loomakasvatusettevõtteid kord kolme aasta jooksul ning vormistab iga loomapidamisega tegeleva ettevõtte kohta loomakasvatusettevõtte kontrolli akti.  Piimafarme, kus peetakse lüpsilehmi, kontrollitakse  igal aastal.

Vaktsineerimiste puhul on prioriteediks seatud koduloomade, eelkõige kasside ja koerte, kaitse metsamarutaudi vastu. Programmi kohaselt ette nähtud menetluste teostajateks on volitatud veterinaararstid. 2006.-ndal aastal käivitas Veterinaar- ja Toiduamet ka üleriigilise metsloomade suukaudse vaktsineerimise programmi, mis loodetavasti lähitulevikus tagab Eesti Vabariigi marutaudivaba staatuse saavutamise.

Läbi viidud uuringute, vaktsineerimiste ja inspekteerimiste kohta esitab teostaja  kuuaruanded maakonna veterinaarkeskustele, kus vastavaid andmeid kontrollitakse ja koostatakse vahearuanded. Veterinaar- ja Toiduametisse laekuvad maakondadest  kvartaalsed aruanded. Veterinaar-ja Toiduamet on omakorda aruandekohuslane rahvusvaheliste veterinaarorganisatsioonide ees. Juhul, kui Eestis diagnoositakse eriti ohtlik loomataud, on Veterinaar- ja Toiduamet kohustatud sellest teavitama rahvusvahelisi veterinaarorganisatsioone, Euroopa Liidu Komisjoni, Euroopa Liidu liikmesriike ja naaberriikide veterinaarteenistusi.